|
|
Hledání interakčních partnerů asociovaných s transkripčním aparátem kvasinkových lineárních plazmidů
Ľalíková, Kristýna ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
pGKL plazmidy vyskytující se v cytoplazmě kvasinky Kluyveromyces lactis patří mezi kvasinkové lineární dsDNA plazmidy. Transkripce genů těchto plazmidů probíhá za účasti plazmidového transkripčního aparátu, který vykazuje značnou podobnost transkripčnímu aparátu poxvirů. Poxviry jsou původci mnoha závažných onemocnění a pGKL plazmidy proto představují neinfekční model pro bezpečný výzkum některých poxvirových mechanismů. Mezi hlavní komponenty plazmidového transkripčního aparátu patří nekanonická RNA polymeráza, helikáza a capping enzym. Zejména RNA polymeráza byla v nedávné době podrobně charakterizována a popsána, jen malá pozornost však byla věnována proteinovým interakcím v rámci transkripčního aparátu. Jedná se o klíčový aspekt genové exprese pGKL plazmidů, který se proto stal tématem této práce. Hlavním cílem diplomové práce bylo připravit systém, který by umožňoval hledání interakčních partnerů pGKL transkripčního aparátu a také spolehlivé potvrzení interakcí mezi vybranými proteiny v kvasinkových buňkách. Podstata systému je založena na použití optimalizovaných genů a metodě kvasinkového dvouhybridového systému. Vývoj této experimentální metody byl úspěšně započat a přes nutnost dalších optimalizací se dá očekávat jeho brzké dokončení. Dalším cílem práce byla příprava fluorescenčně značené...
|
|
|
Příprava a využití systému pro studium regulace genové exprese kvasinkových lineárních cytoplasmatických plasmidů
Horáčková, Kamila ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
O translaci lineárních cytoplasmatických plasmidů vyskytujících se u kvasinky Kluyveromyces lactis existují pouze velmi kusé informace. V současné době je poměrně dobře prozkoumán jejich transkripční aparát i celý transkriptom. Studium transkriptů lineárních plasmidů odhalilo velmi netypické uspořádání jejich 5ʼ konců, které obsahují netemplátovou polyadenylaci a postrádají N7 methylguanosinovou čepičku. Právě přítomnost této struktury na 5ʼ konci plasmudů specifických mRNA vyvolalo otázku iniciace translace. Tato práce se zabývala přípravou reportérového systému vhodného pro studium vlivu počtu netěmplátově přidaných adenosinů na 5ʼ konec mRNA lineárních plasmidů. Prvním krokem byla konstrukce duálního kvasinkového plasmidu nesoucího dva reportérové geny pod kontrolou dvou různých promotorů. Po jeho úspěšné konstrukci byla měřena aktivita promotorů TEF1 a PGK1, kdy se promotor TEF1 ukázal cca dvakrát silnější. Rovněž byl stanoven transkripční start obou promotorů. Druhým krokem byla konstrukce reportérového systému rovnou v kvasinkových plasmidech pGKL. Reportérové geny byly pod kontrolou dvou promotorů pocházejících z pGKL plasmidů iniciujících vznik trankriptů s různou strukturou. Po měření síly promotorů se ukázalo, že jejich síla je v porovnání s promotory TEF1 a PGK1 velmi nízká, až...
|
|
|
Charakterizace nekanonické RNA polymerázy kódované lineárními plasmidy kvasinek
Sýkora, Michal
Transkripce je hlavním kontrolním bodem genové exprese. Tento proces závisí na proteinovém komplexu vícepodjednotkových RNA polymeráz, které jsou mimořádně konzervované mezi všemi buněčnými organismy. U mimochromozomálních dědičných elementů, jako jsou organely, viry a plasmidy, je transkripce závislá na RNA polymerázách buněk hostitelských organismů, nebo tyto elementy kódují RNA polymerázu vlastní. Předpokládaná nekanonická RNA polymeráza, skládající se ze dvou podjednotek, je kódována také lineárními cytoplasmatickými plasmidy kvasinky Kluyveromyces lactis a velmi pravděpodobně přepisuje pouze geny těchto plasmidů. Kromě dvou podjednotek RNA polymerázy kódují lineární plasmidy Kluyveromyces lactis ještě další dvě předpokládané komponenty transkripčního aparátu, a to capping enzym přidávající čepičku na 5' konce mRNA, a předpokládanou DExD/H box helikázu. Charakterizace unikátního a nepříliš probádaného transkripčního aparátu plasmidů Kluyveromyces lactis byla hlavní náplní této práce. Cílem bylo především: 1) objasnit evoluční původ transkripčního aparátu lineárních plasmidů; 2) popsat architekturu transkripčního komplexu lineárních plasmidů in vivo se zaměřením na předpokládané vazebné partnery RNA polymerázy; 3) odhalit mechanismy iniciace a terminace transkripce kvasinkových lineárních...
|
|
|
Charakterizace nekanonické RNA polymerázy kódované lineárními plasmidy kvasinek
Sýkora, Michal
Transkripce je hlavním kontrolním bodem genové exprese. Tento proces závisí na proteinovém komplexu vícepodjednotkových RNA polymeráz, které jsou mimořádně konzervované mezi všemi buněčnými organismy. U mimochromozomálních dědičných elementů, jako jsou organely, viry a plasmidy, je transkripce závislá na RNA polymerázách buněk hostitelských organismů, nebo tyto elementy kódují RNA polymerázu vlastní. Předpokládaná nekanonická RNA polymeráza, skládající se ze dvou podjednotek, je kódována také lineárními cytoplasmatickými plasmidy kvasinky Kluyveromyces lactis a velmi pravděpodobně přepisuje pouze geny těchto plasmidů. Kromě dvou podjednotek RNA polymerázy kódují lineární plasmidy Kluyveromyces lactis ještě další dvě předpokládané komponenty transkripčního aparátu, a to capping enzym přidávající čepičku na 5' konce mRNA, a předpokládanou DExD/H box helikázu. Charakterizace unikátního a nepříliš probádaného transkripčního aparátu plasmidů Kluyveromyces lactis byla hlavní náplní této práce. Cílem bylo především: 1) objasnit evoluční původ transkripčního aparátu lineárních plasmidů; 2) popsat architekturu transkripčního komplexu lineárních plasmidů in vivo se zaměřením na předpokládané vazebné partnery RNA polymerázy; 3) odhalit mechanismy iniciace a terminace transkripce kvasinkových lineárních...
|
|
|
Charakterizace nekanonické RNA polymerázy kódované lineárními plasmidy kvasinek
Sýkora, Michal ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Macíčková Cahová, Hana (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Transkripce je hlavním kontrolním bodem genové exprese. Tento proces závisí na proteinovém komplexu vícepodjednotkových RNA polymeráz, které jsou mimořádně konzervované mezi všemi buněčnými organismy. U mimochromozomálních dědičných elementů, jako jsou organely, viry a plasmidy, je transkripce závislá na RNA polymerázách buněk hostitelských organismů, nebo tyto elementy kódují RNA polymerázu vlastní. Předpokládaná nekanonická RNA polymeráza, skládající se ze dvou podjednotek, je kódována také lineárními cytoplasmatickými plasmidy kvasinky Kluyveromyces lactis a velmi pravděpodobně přepisuje pouze geny těchto plasmidů. Kromě dvou podjednotek RNA polymerázy kódují lineární plasmidy Kluyveromyces lactis ještě další dvě předpokládané komponenty transkripčního aparátu, a to capping enzym přidávající čepičku na 5' konce mRNA, a předpokládanou DExD/H box helikázu. Charakterizace unikátního a nepříliš probádaného transkripčního aparátu plasmidů Kluyveromyces lactis byla hlavní náplní této práce. Cílem bylo především: 1) objasnit evoluční původ transkripčního aparátu lineárních plasmidů; 2) popsat architekturu transkripčního komplexu lineárních plasmidů in vivo se zaměřením na předpokládané vazebné partnery RNA polymerázy; 3) odhalit mechanismy iniciace a terminace transkripce kvasinkových lineárních...
|
host ::
RSS.